Samkvæmt lögum um Menntamálastofnun nr. 91/2015 þá hefur forstjóri sér til ráðuneytis sjö manna ráðgjafarnefnd sem ráðherra skipar til fjögurra ára í senn. Í nefndinni eiga sæti tveir fulltrúar ráðherra og er annar þeirra formaður og einn fulltrúi frá hverjum eftirtalinna: Sambandi íslenskra sveitarfélaga, Félagi íslenskra framhaldsskóla, samstarfsnefnd háskólastigsins, Kennarasambandi Íslands og Heimili og skóla. Varamenn eru skipaðir sem sama hætti. Verkefni nefndarinnar er að vera forstjóra til ráðgjafar um langtímastefnumótun um starfsemi stofnunarinnar.
